| Ⅰ~Ⅳ登革病毒基因同源性分析及Ⅱ型C蛋白二级结构预测 |
| 投稿时间：2016-10-07 修订日期：2016-10-31 点此下载全文 |
| 引用本文：姜黎明,杨佳佳,罗佳,叶超,文送娇,孙强明.Ⅰ~Ⅳ登革病毒基因同源性分析及Ⅱ型C蛋白二级结构预测[J].医学研究杂志,2017,46(6):38-40,67 |
| DOI：
10.11969/j.issn.1673-548X.2017.06.010 |
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| 基金项目:国家自然科学基金资助项目（面上项目）（81171946）；国家"十二五""重大新药创新"科技重大专项基金资助项目（2012ZX09104-302）；云南省科技厅社会发展科技计划项目（2011CA016）；云南自然科学基金资助项目（2012FB188，2016FA029）；中国医学科学院医学生物学研究所研究生创新基金资助项目（2015-018-004） |
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| 中文摘要:目的 对登革病毒（dengue virus，DENV）Ⅰ~Ⅳ基因同源性进行分析，同时对DENV Ⅱ C蛋白的二级结构进行预测，为更深入了解DENV 4个血清型间差异及衣壳蛋白C构想。方法 通过DNAMAN分子生物学分析软件和蛋白结构在线预测网站分别对登革病毒基因同源性及C蛋白的二级结构进行预测。结果 在登革病毒基因组同源性中，DENVⅠ与Ⅲ同源性最高为72%，发现DENVⅠ与Ⅳ同源性最低为67%；在登革病毒基因中，前膜基因prM的的同源性最高为82.5%，非结构基因NS2a的同源性最低为55.28%。在编码capsid的氨基酸中，占组成比例最多的为是精氨酸，可能存在的蛋白结合位点较多。结论 通过基因组同源分析图谱看出Ⅰ~Ⅳ DENV在结构基因（C、prM、E）之间和非结构基因NS1，NS2b和NS3中的同源性较高，同时蛋白二级结构预测发现DENV ⅡC蛋白可能具有分子识别和蛋白骨架等功能。 |
| 中文关键词:登革病毒 同源性 Capsid |
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| Identity Analysis of Dengue Virus Gene Ⅰ-Ⅳ and Prediction of Secondary Structure of Ⅱ Capsid Protein |
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| Abstract:Objective To analysis the identity of dengue virus Ⅰ-Ⅳ gene homology and prediction of DENV Ⅱ C protein secondary structure, for more understanding of the difference between four DENV serotype and capsid protein C. Methods The identity analysis of dengue virus gene homology was used DNAMAN molecular biology software and DENCV Ⅱ C protein secondary structure prediction was used the protein structure prediction online website. Results In dengue virus genome homology analysis, DENVⅠ with Ⅲ with high homology was 72% nevertheless DENVⅠ-Ⅳ with lowest homology was 67%. The gene of dengue virus, the high homology was prM, however the lowest homology was NS3a. In the amino acid of coding Capsid, the most percentage was arginine,and there may be more protein binding sites. Conclusion The analysis of genome homologous map find that DENV Ⅰ-Ⅳ in structure gene (C, prM, E) and unstructured gene(NS1 NS2b and NS3)had higher identity, at the same time through the protein secondary structure prediction discover DENV Ⅱ C protein may possess molecular recognition and protein skeleton, and other functions. |
| keywords:Dengue virus Identity Capsid |
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