| 肾透明细胞癌基因拷贝数变异与 mRNA差异表达的整合分析 |
| 投稿时间：2019-06-10 修订日期：2019-06-12 点此下载全文 |
| 引用本文：朱进,丁晓飞,周军,陈光.肾透明细胞癌基因拷贝数变异与 mRNA差异表达的整合分析[J].医学研究杂志,2020,49(2):81-86 |
| DOI：
10.11969/j.issn.1673-548X.2020.02.019 |
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| 基金项目:浙江省自然科学基金资助项目(面上项目)(LY16H310006) |
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| 中文摘要:目的 在整个基因组范围内整合分析染色体变异与基因差异表达来探讨肾透明细胞癌的发病机制。方法 从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肾透明细胞癌DNA拷贝数和mRNA表达数据,使用GISTIC进行拷贝数变异分析；使用R软件包edgeR进行基因差异表达分析；并对差异表达基因进行KEGG 和GO通路富集分析。结果 GISTIC发现381个拷贝数扩增,1287个缺失；R语言包发现1171个基因mRNA表达上调,567个基因mRNA表达下调；相关性检测发现13个拷贝数增加的基因表达上调,17个拷贝数降低的基因表达下调。GO 和 KEGG分析发现这些差异基因主要富集在多个致癌基因,且参与肿瘤的发生、发展及免疫逃逸的信号转导。结论 整合分析相关拷贝数变异和基因表达差异,能为肾透明细胞癌的诊断和治疗提供分子标记和靶点。 |
| 中文关键词:肾透明细胞癌 癌症和肿瘤基因图谱 拷贝数变异 mRNA |
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