| 中文摘要:目的 利用生物信息技术探讨喉癌的发生机制,寻找用于喉癌诊断和治疗的关键基因。方法 本研究从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载基因芯片数据集GSE51985和GSE59102,筛选差异表达基因,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析, 使用STRING在线数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),并利用Cytoscape进行了模块分析,筛选关键基因。然后用Oncomine数据库对关键基因进行泛癌分析,从癌症和肿瘤基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas, TCGA)下载喉癌相关基因表达数据和临床资料,对关键基因进行基因表达差异和生存分析。结果 共筛选出差异基因218个。KEGG途径分析显示,差异基因主要富集于唾液分泌、ECM受体相互作用、细胞周期等途径。利用Cystoscape软件筛选关键基因,筛选出CHEK1、SERPINE1、SPP1、COL1A1、FOXM1、MMP9、CXCL12和MMP1共8个基因为关键基因。将关键基因输入GEPIA数据库寻找相似基因,将所有基因输入Metascape进行富集分析,主要富集于细胞外组织结构、PID整合素1途径、有丝分裂染色体分离等。利用TCGA数据库数据进行关键基因在喉癌组织与正常组织表达差异分析,8个关键基因差异均有统计学意义,在生存分析中,笔者发现COL1A1和MMP1的表达与喉癌总生存率显著相关。结论 本研究中发现的差异基因和关键基因有助于深入了解喉癌发生、发展的分子机制,为喉癌的诊断和治疗提供新的候选靶点。 |
