喉鳞状细胞癌m6A相关基因预后预测模型的构建及分析
投稿时间:2021-01-07  修订日期:2021-01-10  点此下载全文
引用本文:韩弈垣,王雪梅,贺晴,曹晓林.喉鳞状细胞癌m6A相关基因预后预测模型的构建及分析[J].医学研究杂志,2021,50(6):88-93
DOI: 10.11969/j.issn.1673-548X.2021.06.020
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作者单位E-mail
韩弈垣 浙江中医药大学第四临床医学院
310006. 浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院耳鼻咽喉头颈外科杭州 310053 
 
王雪梅 浙江中医药大学第四临床医学院
310006. 浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院耳鼻咽喉头颈外科杭州 310053 
 
贺晴 浙江中医药大学第四临床医学院
310006. 浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院耳鼻咽喉头颈外科杭州 310053 
 
曹晓林 浙江中医药大学第四临床医学院
310006. 浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院耳鼻咽喉头颈外科杭州 310053 
doctorcaoxiaolin@163.com 
基金项目:浙江省医药卫生科技计划项目(2015KYB284)
中文摘要:目的 构建基于N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)相关基因的喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)预后预测模型。方法 从TCGA数据库下载LSCC RNA-seq数据及相关临床数据,利用R4.0.3软件筛选并提取LSCC组织中显著差异表达的m6A相关基因(P<0.05)。利用Lasso回归算法构建预后预测模型,并根据风险评分公式计算各临床样本的风险系数,取中位数将样本分为高风险组和低风险组,然后使用Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征 (receiver operating characteristic,ROC)曲线评估该模型效能,并进一步使用单因素及多因素COX回归分析对该预后预测模型进行独立预后分析。结果 LSCC组织中显著差异表达的m6A相关基因共有9个(METTL3、YTHDF1、YTHDC2、ALKBH5、HNRNPC、RBM15、WTAP、FTO和KIAA1429),在此基础之上利用Lasso回归算法构建了预后预测模型。Kaplan-Meier生存曲线显示高风险组的总体生存率明显低于低风险组,且两组的5年生存率之间比较,差异有统计学意义(P<0.01)。ROC曲线显示该模型具有较好的敏感度和特异性(AUC>0.7)。独立预后分析显示该评分模型可作为独立预后因素(P=0.000)对LSCC患者的预后进行预测。结论 本研究构建了基于m6A相关基因的预后预测模型,且可作为独立的预后因素。
中文关键词:喉鳞状细胞癌 N6-甲基腺苷 TCGA 预后模型
 
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