基于生物信息学分析阿霉素致心脏损伤合并心律失常的差异基因表达
投稿时间:2021-02-23  修订日期:2021-03-04  点此下载全文
引用本文:殷铭,江洪.基于生物信息学分析阿霉素致心脏损伤合并心律失常的差异基因表达[J].医学研究杂志,2021,50(8):36-40,15
DOI: 10.11969/j.issn.1673-548X.2021.08.010
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殷铭 武汉大学人民医院心内科 430060  
江洪 武汉大学人民医院心内科 430060 jhong0505@163.com 
基金项目:国家自然科学基金资助项目(81530011,81770364)
中文摘要:目的 通过挖掘生物信息学的方法,探究阿霉素诱导心脏损伤和心电活动紊乱的潜在机制。方法 通过检索GEO数据库,获取阿霉素致心脏损伤相关数据集GSE106297和心肌损伤合并室性心律失常相关数据集GSE29819。分别对两组数据集的差异表达基因进行清洗、注释和筛选,通过Venn图确定具有相同表达趋势的上调差异基因和下调差异基因后,使用DAVID数据库进行GO分析,注释上调和下调基因参与的细胞组分、分子功能、生物学功能,同时进行KEGG Pathway分析,注释上调和下调基因参与的分子通路。随后,使用STRING数据库构建PPI网络,进行蛋白质互作分析,确定上调和下调基因相关蛋白质及互相作用关系。最后使用Cytoscape软件进行聚类分析,筛选重要功能模块和关键基因(hub gene)。结果 阿霉素致心脏损伤相关数据集GSE106297中筛选得到522个上调基因和6992个下调基因,心肌损伤合并室性心律失常相关数据集GSE29819中筛选得到832个上调基因和819个下调基因,两数据集交集部分共有上调基因27个、下调基因312个。其中,上调基因涉及蛋白质互作网络的hub基因包含PLAU、SPP1、SERPINA1、SERPINA5、IGFBP1、IGFBP4、IGFBR1、IGFBPL1、TGFBI、TFPI2、COL6A1。下调基因涉及蛋白质互作网络的hub基因包含ZBTB16、FBXW8、RNF144B、CBLB、CDC34、RNF182、RNF213、FBXL14、RNF213、LNX1、UBE3D、HERC4。这些hub基因涉及蛋白质泛素化、胰岛素样生长因子受体信号通路调控等生物学功能,以及泛素介导的蛋白水解、补体和凝血级联反应等信号通路。结论 阿霉素诱导心脏损伤和心脏电活动紊乱,可能与基因调控下的多种生物学过程和信号通路改变有关。
中文关键词:阿霉素 心脏毒性 心电活动 心力衰竭 生物信息学
 
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