| 表达谱芯片和DNA甲基化芯片联合分析筛选克罗恩病发生、发展的分子靶标 |
| 投稿时间：2022-02-08 修订日期：2022-02-23 点此下载全文 |
| 引用本文：徐缘,蒋益,林道泼.表达谱芯片和DNA甲基化芯片联合分析筛选克罗恩病发生、发展的分子靶标[J].医学研究杂志,2022,51(9):101-106,148 |
| DOI：
10.11969/j.issn.1673-548X.2022.09.022 |
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| 基金项目:浙江省中医药科学研究基金资助项目(2019ZB075)；浙江省温州市科技局基础性科研项目(Y20190603、Y2020281、Y20200240) |
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| 中文摘要:目的 通过生物信息学方法筛选与克罗恩病(CD)发病相关的异常甲基化修饰的差异表达基因。方法 从公共基因表达数据库(GEO)下载CD的表达谱芯片GSE102134和DNA甲基化芯片GSE105798。通过R语言软件对CD表达谱芯片进行差异表达分析,同时对CD的DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析。筛选异常甲基化修饰的差异表达基因进行功能富集分析。STRING数据库和Cytoscape软件共同构建蛋白相互作用网络,筛选CD的核心基因。最后通过GEO数据库GSE75214和GSE186582验证差异基因表达。结果 采用表达谱芯片分析,共筛选出1315个差异表达基因,其中780个表达上调,535个表达下调。CD组与对照组比较,共发现11066个差异甲基化位点,其中8542个高甲基化位点,2524个低甲基化位点。对差异表达基因和差异甲基化基因进行联合分析,找到55个低甲基化修饰下表达上调的基因,和125个高甲基化修饰下表达上调的基因。GO分析表明异常甲基化修饰的差异表达基因与跨膜转运蛋白活性、细胞顶端组成和有机阴离子转运相关。KEGG信号通路主要为PI3K/Akt信号通路、黏附斑和ECM-受体相互作用等。STRING和Cytoscape软件筛选信号通路中的关键基因,并在GSE75214和GSE186582芯片集验证差异基因的表达,结果提示COL4A2、COL4A1、PDGFRB和PYY可能在CD中起重要作用。结论COL4A2、COL4A1、PDGFRB和PYY可能是CD疾病诊断和治疗的潜在靶点。 |
| 中文关键词:克罗恩病 生物信息学 基因芯片 DNA甲基化芯片 |
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