| 非酒精性脂肪性肝病差异表达基因的筛选和生物信息学分析 |
| 投稿时间：2022-07-19 修订日期：2022-09-16 点此下载全文 |
| 引用本文：王士宁,程书平,杨丽洁,俞媛洁,吴鹏波,李明,谭诗云.非酒精性脂肪性肝病差异表达基因的筛选和生物信息学分析[J].医学研究杂志,2023,52(8):168-172，167 |
| DOI：
10.11969/j.issn.1673-548X.2023.08.033 |
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| 中文摘要:目的 应用生物信息学方法筛选和分析非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD)差异表达关键基因,为NAFLD的预防和治疗提供新的思路。方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)中下载2个NAFLD相关的表达矩阵,分别是GSE48452和GSE63067,利用GEO2R在线分析工具分别筛出健康样本和NAFLD样本差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)(P<0.05,｜log2FC｜>0.5)。采用R4.1.0软件分别筛选出差异表达上下调基因,做出火山图和热图,对共同的差异表达上下调基因做出Venn图。为了了解DEGs的生物学功能和通路,使用DAVID在线工具分别进行基因本体功能(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)信号通路富集分析,以P<0.05为判定标准。使用String 11.5网站对DEGs进行蛋白质相互作用分析,使用Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络图,筛选功能模块和关键基因。结果 经筛选共获得25个DEGs,其中上调基因7个,下调基因18个。基因本体分析提示,DEGs在中性粒细胞激活、对细胞外刺激的反应、核受体辅助因子的活性、ATP酶活性、细胞-基质交界处、细胞-细胞交界处、细胞周期、内吞作用等方面富集。利用Cytoscape筛选出的关键基因分别是MMP9、IGF1、CHI3L1、CXCL10、CDKN1A、CCL20、IGFBP2、NRG1。结论 通过生物信息学分析获得的8个NAFLD疾病相关特征差异表达关键基因,旨在为更深入研究NAFLD的发病机制及潜在治疗靶点提供方向。 |
| 中文关键词:非酒精性脂肪性肝病 非酒精性脂肪性肝炎 生物信息学分析 GEO数据库 |
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