| 基于GEO数据库的心脏衰老相关生物信息学分析 |
| 投稿时间：2022-11-07 修订日期：2022-11-28 点此下载全文 |
| 引用本文：丁胤彰,王凯,李钟鸣,李岩松,许迪.基于GEO数据库的心脏衰老相关生物信息学分析[J].医学研究杂志,2023,52(11):45-49 |
| DOI：
10.11969/j.issn.1673-548X.2023.11.010 |
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| 基金项目:国家自然科学基金资助项目(81871359) |
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| 中文摘要:目的 采用生物信息学方法探究心脏衰老的关键基因。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中选择基因表达谱GSE8146。通过R软件进行相关分析,筛选出年轻小鼠与老年小鼠心脏中差异表达基因,利用DAVID 6.8在线分析工具对差异表达基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析。基于STRING在线数据库进行蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析获得关键基因。结果 共筛选出55个差异表达基因,其中上调基因22个,下调基因33个。差异表达基因显著富集于脂质代谢、脂肪酸代谢等过程,参与了过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferators-activated receptor,PPAR)、腺苷酸活化蛋白激酶(adenosine 5′-monophosphate-activated protein kinase,AMPK)信号通路等通路功能。筛选出Fasn、Pck1、Adipoq、Cpt1a、Pdk4、Pnpla2、Slc27a1、Hmgcs2、Cidec、Ucp3等关键基因。结论 心脏衰老可能与细胞能量代谢障碍相关,Fasn、Pck1、Adipoq、Cpt1a、Pdk4、Pnpla2、Slc27a1、Hmgcs2、Ucp3等关键基因及PPAR、AMPK信号通路等可能在心脏衰老的发生、发展中发挥重要作用。 |
| 中文关键词:心脏衰老 生物信息学 差异表达基因 基因本体 京都基因与基因组百科全书 |
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