| 整合生物信息学分析基底型乳腺癌的核心基因 |
| 投稿时间：2022-11-23 修订日期：2022-12-25 点此下载全文 |
| 引用本文：曹家兴,张旺,刘九洋,吴高松.整合生物信息学分析基底型乳腺癌的核心基因[J].医学研究杂志,2024,53(1):113-120 |
| DOI：
10.11969/j.issn.1673-548X.2024.01.023 |
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| 基金项目:武汉大学中南医院优势学科建设项目(XKJS202015);武汉大学中南医院疑难病症诊治能力提升工程项目(ZLYNXM202014) |
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| 中文摘要:目的 整合生物信息学挖掘并分析与基底型乳腺癌(basal-like breast cancer, BLBC)的预后相关的核心基因。方法 首先,从GEO数据库中遴选与乳腺癌分子分型相关的数据集,数据处理后利用WGCNA筛选与BLBC相关的模块。然后,借助蛋白-蛋白互作 (protein-protein interaction, PPI)网络和cytohubba筛选出模块中差异最大的前10%基因作为候选基因,对候选基因进行生存分析和表达分析得到核心基因。最后,利用TIMER、TISIDB等生信工具探索核心基因表达和肿瘤免疫浸润、趋化因子及免疫调节剂的相关性并构建核心基因转录调控网络。结果 利用WGCNA筛选出与BLBC相关的黑色模块中共891个基因,从差异性最大的80个候选基因中分析获得ESPL1和CCNB2 两个核心基因。结果显示,两个核心基因与BLBC免疫细胞浸润有关,主要包括Th2细胞、CD8+T细胞、内皮细胞和肿瘤相关成纤维细胞。而且,核心基因表达水平与趋化因子、免疫刺激因子、免疫抑制因子及MHC分子相关。核心基因上游转录调控网络表明22 种转录因子同时调控两个核心基因。结论 ESPL1和CCNB2是BLBC的预后标志物且与肿瘤免疫相关。 |
| 中文关键词:基底型乳腺癌 加权基因共表达网络分析 免疫浸润 转录因子 |
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