| Smoothened沉默胚胎成纤维细胞 NIH/3T3的mRNA表达谱分析 |
| 投稿时间：2020-04-07 修订日期：2020-04-13 点此下载全文 |
| 引用本文：刘董剑,梁亚冰,崔宏伟,张岩,杨凌.Smoothened沉默胚胎成纤维细胞 NIH/3T3的mRNA表达谱分析[J].医学研究杂志,2020,49(9):46-50,10 |
| DOI：
10.11969/j.issn.1673-548X.2020.09.011 |
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| 基金项目:国家自然科学基金资助项目(31960153)；内蒙古自治区自然科学基金资助项目(2018MS08076)；内蒙古自治区第七批草原英才工程项目(02036010) |
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| 中文摘要:目的 探讨通过沉默Smoothened(Smo)基因抑制Hedgehog通路后,小鼠胚胎成纤维细胞NIH/3T3中mRNA表达谱的变化。方法 提取Smo沉默和对照NIH/3T3细胞的总RNA,并进行测序。与对照组比较,分析差异表达的mRNA,通过BLAST2GO 和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析和预测这些差异表达mRNA的相关功能。选取差异表达mRNA进行实时定量PCR验证。结果 通过测序在Smo沉默的NIH/3T3细胞中发现有2289个mRNA差异表达,其中1646个mRNA在Smo沉默后表达下调,而643个mRNA表达上调。荧光实时定量PCR结果与测序结果一致。生物信息学分析显示,差异表达mRNA参与细胞过程、单有机体过程、生物学调节。差异表达mRNA富集在轴突导向(ko04360)、癌症通路(ko05200)、癌症中的microRNA(ko05206)等通路。利用GEPIA数据库分析CXCL12、IL-33、TGF-β2和FGF10及其受体在食管癌和正常食管组织中的表达情况,和预后的预测分析。结论 在NIH/3T3细胞中沉默Smo抑制Hedgehog通路可能会通过细胞因子CXCL12、IL-33、TGF-β2和FGF10影响肿瘤细胞的增殖。 |
| 中文关键词:小鼠胚胎成纤维细胞 Hedgehog通路 Smoothened mRNA表达谱分析 |
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